Landbouwers die een overtreding begaan tegen de verplichte beheerseisen, kunnen een korting opgelegd krijgen van het bedrag dat ze via GLB-steun (eerste en/of tweede pijler) ontvangen. Dat geldt ook voor regels op het vlak van dierenwelzijn. In 2016 bedroeg dat aantal kortingen 117, in 2017 120, in 2018 156, in 2019 133 en in 2020 (nog niet volledig) 158 dossiers.
Als Vlaams betaalorgaan is het departement Landbouw en Visserij zelf verantwoordelijk voor de praktische toepassing van het systeem van de randvoorwaarden van het Gemeenschappelijk Landbouwbeleid.
Overleg met andere diensten
De betaalorganen moeten jaarlijks aan de Europese commissie de betaalstatistieken doorgeven. Europa voorziet dus zelf niet in controles. Het zijn de lidstaten die de controles zelf moeten uitvoeren.
Naast het controleren op de naleving heeft het departement praktische afspraken gemaakt met het FAVV en de dienst Dierenwelzijn van het departement Omgeving. Als een inbreuk wordt gemeld, dan past het departement Landbouw en Visserij kortingen toe op de uitbetalingen van alle rechtstreekse steun uit de eerste pijler en sommige betalingen van de tweede pijler van het Gemeenschappelijk Landbouwbeleid.