Door het Grondwettelijk Hof werden de artikelen vernietigd die het Vlaamse Natura 2000-programma en de programmatische aanpak ter vermindering van één of meer milieudrukken (de zogenaamde PAS); de managementplannen Natura 2000 en de managementplannen voor gebieden buiten de speciale beschermingszones regelen. Het Grondwettelijk Hof is immers van oordeel dat er te weinig mogelijkheid tot inspraak werd voorzien voor de betrokkenen.
Een belangrijke overweging in het arrest is voorts de stelling van het Grondwettelijk Hof dat de beperking van het eigendomsrecht als gevolg van een maatregel voor natuurbehoud die « het gebruik van eigendom in overeenstemming met het algemeen belang » regelt, moet beschouwd worden als een eigendomsbeperking die valt onder het toepassingsgebied van art. 16 Grondwet en het Eerste Aanvullend protocol bij het Europees Verdrag voor de Rechten van de Mens. Deze bepalingen beschermen eigenaren tegen onteigeningen door de overheid. Verderop in het arrest stelt het Grondwettelijk Hof in feite dat de eigendomsbeperkende maatregelen ten voordele van de natuur niet zonder vergoeding kunnen worden opgelegd als ze niet voor alle burgers gelijk zijn. Concreet betekent dit dat de lasten voor het natuurbehoudsbeleid niet ten laste van een kleine groep landbouwers en eigenaren kan worden gelegd. Het Grondwettelijk Hof oordeelde op dit punt evenwel dat er geen nietigheid voorlag omdat in geval van stilzwijgen van de wetgever het aan de rechter toekomt om het beginsel van de gelijkheid van de burgers voor de openbare lasten toe te passen, en daarbij rekening te houden met alle concrete elementen van openbaar en privaat belang, alsook de redelijke verwachtingen van de burgers in verband met de solidariteit die van hen wordt gevraagd. Concreet zullen de getroffen landbouwers zich tot de rechtbank kunnen richten om een schadevergoeding te bekomen als zij getroffen worden door één van de geviseerde natuurmaatregelen.
